Государственный музей-заповедник «Ростовский кремль» ведёт свою историю с 1883 года. «Музей церковных древностей», как он тогда назывался, был открыт 28 октября (10 ноября по новому стилю).
Музей расположился на территории архитектурного ансамбля бывшего Ростовского архиерейского дома (Ростовского кремля), построенного во второй половине XVII века по замыслу митрополита Ростовского и Ярославского Ионы III (Сысоевича). Резиденция архиереев располагалась в этом ансамбле почти сто лет. В 1788 году церковная кафедра была переведена в Ярославль и ансамбль остался без внимания, здания стали ветшать и приходить в негодность. Во второй половине XIX века по инициативе ростовского купечества стали собирать средства на масштабную реставрацию ансамбля.
Участие в реставрации и в последующей организации музея приняли ростовские краеведы и купцы А.А. Титов и И.А. Шляков, А.Л. Кекин, братья Е.И. и В.И. Королёвы, предводитель ростовского дворянства Д.А. Булатов, ярославский губернатор В.Д. Левшин, архиепископ Ярославский и Ростовский Ионафан (Руднев).
Организация музея в Ростове была воспринята российской общественностью как событие общенационального значения. С 1910 года на содержание музея ежегодно из государственной казны выделялась сумма в 2300 рублей, что было фактом признания учреждения на самом высоком уровне.
После Октябрьской революции 1917 года Ростовский музей преобразовали сначала в Государственный музей древностей, а затем – в краеведческий.
В 1953 году ансамбль Ростовского кремля сильно пострадали от смерча. Реставрация продолжалась более 10-ти лет.
С 1959 года Ростовский музей стал филиалом Ярославского областного музея, в 1969 году он вновь обрел самостоятельность и получил статус музея-заповедника. Открытие популярного маршрута «Золотое кольцо России» в 1970-е – 1980-е годы способствовало значительному росту посещаемости музея.
Указом Президента Российской Федерации от 24 января 1995 года музей-заповедник «Ростовский кремль» включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
В 1998 году Ансамбль Ростовского кремля был включен в Предварительный список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
В настоящее время музей-заповедник «Ростовский кремль» ведёт большую научно-исследовательскую и просветительскую работу, занимается хранением и комплектацией фондов. Здесь проходят фестивали и концерты не только российского, но и международного уровня.
Посетители могут увидеть уникальные архитектурные памятники, образцы церковного искусства, уникальную коллекцию ямских колокольчиков и бубенцов, древнейшие археологические находки, крупнейшую в России коллекцию финифти, разнообразные выставки, а также реконструкцию древлехранилища, с которого в конце XIX века и начинался музей в Ростовском Кремле.